秘書室分設四科，並辦理不屬其他各處、室業務事項，各科職掌如下：
一、法務科：
 (一) 法律意見之提供及法規之擬訂、修正事項。
 (二) 法規資料之蒐集、分析、整理、編印事項。
 (三) 本局重大債權訴追、執行及非訟案件之辦理事項。
 (四) 本局延聘律師辦理重大法律案件事項。
 (五) 國家賠償案件之處理事項。
 (六) 接辦本局醫療欠費訴訟案件之處理事項。
 (七) 行政訴訟案件之處理事件。
 (八) 其他有關法律事務事項。
 (九) 本室綜合業務及不屬他科業務事項。
二、文書科：
 (一) 印信典守事項。
 (二) 公文之收文、登錄編號分辦事項。
 (三) 機密文件、重要公文之提陳事項。
 (四) 投保單位之支票登錄分辦事項。
 (五) 公文之查詢事項。
 (六) 公文之繕校事項。
 (七) 公文之發文、傳遞、交換事項。
 (八) 郵件寄發、郵資核算請領事項。
 (九) 本局檔案之分類、立卷、借調催還事項。
 (十) 本局檔案之清理、銷毀事項。
 (十一) 本局文書及檔案管理改進事項。
 (十二) 主管會報之議事事項。
 (十三) 其他有關文書處理作業事項。
三、總務科：
 (一) 工程之定作、財物之買受、定製承租及勞務之委任或僱傭事項。
 (二) 財產及物品管理事項。
 (三) 辦公處所管理事項。
 (四) 公務車輛管理事項。
 (五) 工友管理事項。
 (六) 辦理約僱、工友及臨時人員之勞工保險暨全民健康保險等事項。
 (七) 會議場所之管理事項。
 (八) 勞工保險及受託業務之行政事務費請撥及出納管理事項。
四、公共關係科：
 (一) 本局新聞發布、首長會見民眾及記者會規劃有關事項。
 (二) 媒體及輿論資料蒐集、統計、分析報告事項。
 (三) 外賓來局參觀訪問接待事項。
 (四) 規劃各類媒體宣導事項。
 (五) 規劃勞工保險業務研討會事宜。
 (六) 本局志工招募及督導訓練事項。
 (七) 立法院簽詢資料彙整及立法委員問政資料提供有關事項。
 (八) 各民意代表、投保單位、被保險人查詢案件答復及民意機構舉辦有
      關說明會配合事項。
 (九) 其他有關公共關係業務。